Johnson được sinh ra với tên khai sinh là Malcolm Michaels Jr. vào ngày 24 tháng 08 năm 1945 tại Elizabeth, New Jersey, với sáu anh chị em. Cha là Malcolm Michaels Sr., một công nhân dây chuyền lắp ráp tại General Motors. Mẹ của Johnson là Alberta Claiborne, là một quản gia. Johnson bắt đầu tham dự một Giáo hội Giám nhiệm Giám lý châu Phi (AME) khi còn nhỏ và suốt đời luôn sùng đạo tôn giáo, thường quan tâm đến Công giáo, nhưng cũng tôn thờ các vị thánh theo cách cá nhân, giữ một bàn thờ riêng ở nhà.[12] Johnson lần đầu tiên bắt đầu mặc váy từ năm tuổi nhưng phải tạm thời dừng lại do sự quấy rối của những cậu bé sống gần đó.

Về sau, trong một cuộc phỏng vấn năm 1992, Johnson mô tả là nạn nhân bị tấn công tình dục bởi một cậu bé vị thành niên.[13][Ghi chú 2] Ý tưởng công khai đồng tính là một giấc mơ của Johnson, là một điều rất khó có thể xảy ra những năm thời đó, và vì vậy Johnson đã chọn cách không hoạt động tình dục cho đến khi tới thành phố New York lúc 17 tuổi.[12] Mẹ của Johnson cảm thấy buồn bã về con, nói rằng đồng tính luyến ái giống như thấp hơn một con chó (lower than a dog),[14] và bà không được biết về cộng đồng LGBT. Sau khi tốt nghiệp trường trung học Edison cũ (nay là Học viện Kỹ thuật và Nghề nghiệp Thomas A. Edison) ở Elizabeth năm 1963, Johnson rời nhà đến thành phố New York với 15 đô la và một túi quần áo.[15] Johnson kiếm sống như một bồi bàn sau khi chuyển đến Làng Greenwich năm 1966.[16][17] Những năm đó, sau khi gặp gỡ những người đồng tính trong thành phố, Johnson cuối cùng cũng cảm thấy có thể công khai rộng rãi là một người đồng tính.